به منظور تحول و پیشرفت در کشور لازم است نظام حکمرانی در موضوعات مختلف اصلاح گردد تا زمانی که حاکمیت تصمیم به اجرای ماموریتی می گیرد، بتواند اراده‌اش را در تصمیمات و اقدامات جاری نماید.
بر این اساس، این معاونت با استفاده از ابزارهای نرم و نوآورانه در موضوعات اقتصادی، اجتماعی و علم و فن‌آوری فعالیت خود را به ارتقای توان حکمرانی کشور معطوف کرده است.
حکمرانی در علم و فناوری: اصلاح سیاست های علم و فن‌آوری، ایجاد زیرساخت‌های توسعه فن‌آوری‌های آینده‌ساز
حکمرانی در اقتصاد: بهبود فضای کسب و کار، تقویت اقتصاد داخلی و تسهیل تعاملات با اقتصاد بین الملل
حکمرانی در اجتماع: تقویت بنیان‌های اجتماعی با ابزارهای اقتصادی و اجتماعی
