مأموریت گروه انرژی‌های پاک و محیط زیست، کمک به «تحقق ایران پیشرفته در برابر تغییر اقلیم و برخوردار از محیط زیست مقاوم و پایدار برای نسل‌های کنونی و آتی» از طریق دستیابی به فناوریهای نوظهور و آینده‌ساز، صادرات خدمات و محصولات فناورانه و شناسایی و بهره‌برداری از فرصت‌های بین‌المللی همکاری‌های فناوری و اقتصادی می‌باشد.
در این راستا این مرکز در بسیاری از کمیته‌ها و کارگروه‌های ملی مانند «کارگروه ویژه مذاکرات بین‌المللی تغییر اقلیم» و «کارگروه ملی کاهش آلودگی هوای کلانشهرها» عضویت داشته و به عنوان «مرجع صلاحیت‌دار ملی (NDE) نزد مرکز و شبکه فناوریهای اقلیم سازمان ملل (CTCN)» است.
ارائه راه‌‌کار، دسترسی، توسعه و انتقال دانش فنی و یا فناوری برای مقابله با تغییر اقلیم از مهمترین ماموریت این مرکز به عنوان مراجع صلاحیت‌دار ملی (NDE) می‌باشد.
محورهای موضوعی گروه (ذیل دو عنوان کلی فناوریهای اقلیمی و فناوریهای محیط زیستی):
- انرژی‌های تجدیدپذیر و پاک
- آلودگی هوا
- گرد و غبار
- حمل و نقل پاک
- ذخیره‌سازی انرژی
ظرفیت‌ها و مزیت‌های کشور:
- ذخایر بالای نفت و گاز؛
- ظرفیت نیروگاهی بزرگ به عنوان اولین تولیدکننده انرژی الکتریکی در خاورمیانه و شمال آفریقا؛
- مزیت جغرافیای سیاسی و مرزهای مشترک با کشورهای دارای انرژی یا متقاضی انرژی؛
- وجود منابع و ظرفیت‌های متعدد برای توسعه انرژی‌های تجدیدپذیر؛
- مزیت دسترسی به خوراک برای توسعه صنایع پایین‌دستی نفت و گاز؛
- وجود ظرفیت مناسب برای ایجاد اشتغال در رده‌های مختلف تحصیلات دانشگاهی.
- تعامل مثبت و سازنده ج.ا.ایران با نهادهای بین‌المللی در حوزه محیط زیست؛
- ظرفیت‌های بالقوه بومی در حوزه فناوریهای مرتبط با محیط ریست و انرژی‌های تجدیدپذیر در کشور.
