جایزه مصطفی(ص) در راستای تجلیل از دانشمندان برجسته و زمینه‌سازی همکاری و توسعه علمی و فناوری در جهان اسلام به عنوان یکی از نمادهای شایستگی و برتری علمی در سطح جهان در سال ۱۳۹۱ به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید.

این جایزه که به صورت دوسالانه به دانشمندان و پژوهشگران برتر جهان اسلام اعطا می‌شود به اثری نوآورانه در مرزهای دانش تعلق می‌گیرد که توسط افرادی شاخص در حوزه‌های علم و فناوری ارایه شده و زمینه‌ساز بهبود زندگی بشریت باشد.

جایزه مصطفی(ص) توسط پارک فناوری پردیس با محوریت شناسایی و معرفی برترین‌های علم و فناوری جهان اسلام، با هدف افزایش سطح همکاری و هم‌افزایی، زمینه‌سازی برای رشد و شکوفایی تمدن نوین اسلامی، ایجاد فضای همکاری و تعامل بین متخصصان و دانشمندان بنیانگذاری شد.

همچنین معرفی جایزه به‌عنوان یکی از نمادهای مهم شایستگی و برتری علمی در سطح جهان را دنبال می‌کند،  این جایزه حوزه‌های علم و فناوری ارتباطات و اطلاعات، علم‌وفناوری زیستی و پزشکی، علم‌وفناوری نانو و کلیه زمینه‌های علم و فناوری را پوشش می‌دهد.

جایزه مصطفی(ص) در سال ۱۳۹۵ و در پانزدهمین مجمع عمومی کمیته علم و فناوری سازمان همکاری اسلامی (کامستک) نیز مورد تقدیر وزیران علوم کشورهای اسلامی قرار گرفت، نشریه علمی ساینس نیز از این جایزه به عنوان نوبل اسلامی یاد کرده است.

این جایزه در چهار بخش علم و فناوری اطلاعات و ارتباطات،  علم و فناوری زیستی و پزشکی، علم و فناوری نانو،  کلیه زمینه‌های علم و فناوری برگزار می شود.

مراحل انتخاب و ارزیابی آثار در این جایزه به این صورت است که آثار برجسته معرفی شده به دبیرخانه جایزه در گروه‌های علمی تخصصی تأیید شده توسط کارگروه علمی، ارزیابی و داوری اولیه می‌شود و آثار دارای صلاحیت جهت انتخاب گزینه­‌های برتر در گروه‌های داوری نهایی با حضور دانشمندان برجسته بین‌المللی مورد بررسی قرار می­‌گیرند. سپس آثار برگزیده برای تصویب به شورای سیاست‌گذاری جایزه مصطفی(ص)  معرفی و سپس اعلان عمومی صورت می‌گیرد.

آثار برگزیده ضمن این‌که می‌بایست نوآورانه، بدیع و دارای اصالت باشند باید از تاثیر قابل توجهی در رفاه، امنیت و سلامت بشریت در قالب کاربرد مشخص و نتایج ملموس برخوردار بوده و توسعه‌دهنده مرزهای دانش باشند. همچنین صاحب اثر می‌بایست دارای حسن شهرت علمی و عمومی باشد.

برگزیدگان در هر حوزه علاوه بر دریافت لوح و مدال جایزه، مبلغ ۵۰۰ هزار دلار جایزه نقدی نیز دریافت می‌کنند که مبلغ آن از محل وقف و نذر علمی تامین می‌شود. این جایزه به آثاری تعلق ‌می‌گیرد که زمینه‌ساز بهبود زندگی بشر بوده است و دارای نوآوری‌های مشهود در مرزهای دانش و فناوری باشد.

اولین دوره جایزه مصطفی(ص) در دی­ ماه سال ۱۳۹۴ برگزار شد که پروفسور عمر یاغی از کشور اردن و پروفسور جکی ای-رو یینگ از کشور سنگاپور برگزیدگان آن بودند.

دومین دوره جایزه مصطفی(ص) هم در آذرماه سال ۱۳۹۶ برگزار شد که پروفسور سامی ارول گلنبه از کشور ترکیه و پروفسور محمدامین شکراللهی از کشور ایران استحقاق دریافت این جایزه را داشتند.

سومین دوره جایزه مصطفی(ص) نیز در آبان­ماه ۱۳۹۸ برگزار شد و این جایزه به پنج نفر از برترین­ های علم و فناوری جهان اسلام اعطا شد. در این دوره، پروفسور اوگور شاهین از کشور ترکیه و پروفسور علی خادم‌حسینی از ایران به جمع برگزیدگان جایزه مصطفی(ص) پیوستند و همچنین پروفسور عمران اینان از کشور ترکیه، پروفسور حسین بهاروند از کشور ایران و دکتر محمد عبدالاحد از ایران، برگزیدگان مقیم کشورهای اسلامی سومین دوره این جایزه بین ­المللی بودند.